进攻土伦的作战计划早已基本确定。当时，会议认为：鉴于土伦东面的法朗山地地形险要，炮垒坚固，易守难攻，且有重兵防守，因此，不宜将主要兵力集中于东线，而应将主要进攻方向选择在敌人防御薄弱的西线，即从奥利乌勒方向进击，从西面夺占土伦。巴黎下达的新的作战计划规定：集中一支60000人的军队，不管敌人正面的火力如何，而从东、西两个方向同时发起进攻。首先，夺占法朗山地、法朗炮台、鲁日炮台、勃兰炮台和圣卡特林炮台，粉碎敌人的外围防线;尔后，前出到土伦要塞附近，挖掘堑壕，构筑工事，待条件成熟后，伺机攻占土伦。
对此，拿破仑很不赞同，于是提出一个完全相反的作战方案。他认为，上述计划实际上很难行得通。这是因为：首先，敌人在土伦外围的防线上，既有坚固的工事，又有良好的地形，还有地面火力和舰炮火力进行支援，可说是炮坚城固，兵力充足，要想从正面攻破，绝非容易之事;其次，正面强攻，倘若久攻不克，形成对峙，那就势必迁延时日，使敌人赢得调集援兵和巩固防御的时间;第三，正面进攻即使得手，也很容易迫使敌人烧毁仓库、炸毁船坞、破坏军械库，携走全部法国军舰，甚至洗劫土伦全市，一旦出现这种情况，对于迫使敌人投降和保全整个城市，显然都是不利的。
既然如此，那么，夺取土伦的最好办法又是什么呢?拿破仑提出，应该首先集中主要兵力，攻占港湾西岸的马尔格雷夫垒(英国人称为小直布罗陀)，夺取克尔海角，然后，集中大量火炮，猛烈轰击停泊在大、小停泊场内的英国舰队，切断英国舰队与土伦守敌之间的联系，迫使英舰撤出港口。如能这样，则土伦守敌在一无退路、二无援兵、三无火力支援的情况下，必然不攻自破。这时，法军即使只有不大的兵力，也可以迅速攻占土伦。拿破仑还进一步提出：为了有效地封锁大、小停泊场，使英国舰队无法立足，法军攻占小直布罗陀和克尔海角之后，应立即在埃吉利耶特海角和巴拉去耶海角各设一座大型堡垒，并且应分别配置10门以上的唐制130毫米榴弹炮，36磅和24磅炮等30门以上相对重型的滑膛炮，4门发射16磅赤热炮弹的火炮，以及10门戈美尔式臼炮，以便构成足够的火力密度。
从作战计划的拟订上，已经充分的显示了一个军事天才和军事庸才计划的区别，拿破仑思路富有创造力，而且直中要害，令人惊叹不已。国民公会的特派员萨利希第和贾斯巴林，一致支持拿破仑的设想。据此拟定纳新计划，被立即送往巴黎，并很快获得批准。拿破仑因此受命担任攻城炮兵的副指挥。
其实，早在1个月以前，拿破仑就看到了小直布罗陀的价值，认为它是打开土伦的钥匙。当时，他多次向卡尔托将军建议，派出足够的兵力夺占并固守小直布罗陀和克尔海角高地，以便在埃吉利耶特和巴拉去耶两个海角边上设置自己的炮垒。傲慢无知的卡尔托将军并不懂得这样做的重要意义。他以兵力不足为借口，仅仅派去了400人。结果，反而把机会让给了敌人。几天以后，联军4000人在克尔海角登陆，赶走了法国人，夺占了克尔海角和小直布罗陀堡。
历史事例表明，战场上具有重要战役战术意义的地理位置，对作战双方是毫无偏爱的。谁先认识到它的价值，谁先采取果断行动夺取它，它就为谁服务，并成为另一方的巨大障碍。被卡尔托将军忽略了的，联军却给予了应有的重视。他们用了整整一个月的时间，把马尔格雷夫堡变成了一个名副其实的“小直布罗陀”。1个月后，当攻城部队的将军们再次把目光转向克尔海角时，形势己截然不同了。由于卡尔托将军的失误，联军赢得了足够的时间来加强自己的阵地，而法军却白白放过了一个不可多得的绝好机会。
也因为卡尔托将军在情势上的判断失误，使得国民公会对其失去了信心。1月上旬，多普将军接替卡尔托的职务，担任了土伦攻城部队的司令，卡尔托被调往阿尔卑斯军团。
多普将军与其说是一个军人，倒不如说是一个政客。他的到来，并没有使指挥得到改善。1月11日，由于目睹直布罗陀当面的法军不胜愤激，擅自向联军阵地发起攻击，整个布留尔师都卷入了战斗。为了掌握局势，拿破仑被临时授权指挥这场战斗。他马上进到前线，审时度势，因势利导，亲自率领士兵突入联军阵地，在很短的时间里便控制了几乎整个克尔海角，从背后接近了小直布罗陀。然而，就在这个胜利在望的关键时刻，远离战场的多普将军，却因身边一名副官中弹身亡而突然命令法军停止进攻。结果，联军乘机反扑，一次眼看到手的胜利被白白断送了。对于这个愚蠢的决定，年轻的拿破仑怒不可遏，冲到多普将军面前，指着他的鼻子，用普通士兵才会用的粗俗语言破口大骂。
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